Thị trấn Phong Nha hiện nay trước đây vốn là xã Sơn Trạch thuộc huyện Bố Trạch.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 862/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Quảng Bình (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[1]. Theo đó, thành lập thị trấn Phong Nha trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của xã Sơn Trạch.